| Pt | MP | W | D | L | F | A | GD | |||
| 1 | いわきFC | 76 | 34 | 23 | 7 | 4 | 72 | 23 | 49 | J2 |
| 2 | 藤枝MYFC | 67 | 34 | 20 | 7 | 7 | 58 | 29 | 29 | J2 |
| 3 | 鹿児島ユナイテッド | 66 | 34 | 21 | 3 | 10 | 55 | 39 | 16 | |
| 4 | 松本山雅FC | 66 | 34 | 20 | 6 | 8 | 46 | 33 | 13 | |
| 5 | FC今治 | 60 | 34 | 18 | 6 | 10 | 55 | 40 | 15 | |
| 6 | カターレ富山 | 60 | 34 | 19 | 3 | 12 | 56 | 49 | 7 | |
| 7 | 愛媛FC | 52 | 34 | 14 | 10 | 11 | 51 | 41 | 10 | |
| 8 | AC長野パルセイロ | 52 | 34 | 14 | 10 | 10 | 42 | 41 | 1 | |
| 9 | テゲバジャーロ宮崎 | 46 | 34 | 12 | 10 | 12 | 45 | 47 | -2 | |
| 10 | ヴァンラーレ八戸 | 43 | 34 | 14 | 1 | 19 | 32 | 46 | -14 | |
| 11 | 福島ユナイテッド | 42 | 34 | 11 | 9 | 14 | 37 | 45 | -8 | |
| 12 | ガイナーレ鳥取 | 41 | 34 | 12 | 5 | 17 | 55 | 56 | -1 | |
| 13 | ギラヴァンツ北九州 | 40 | 34 | 11 | 7 | 16 | 41 | 45 | -4 | |
| 14 | FC岐阜 | 37 | 34 | 10 | 7 | 17 | 43 | 52 | -9 | |
| 15 | アスルクラロ沼津 | 31 | 34 | 8 | 7 | 19 | 27 | 46 | -19 | |
| 16 | YSCC横浜 | 28 | 34 | 8 | 4 | 22 | 26 | 67 | -41 | |
| 17 | カマタマーレ讃岐 | 27 | 34 | 6 | 9 | 19 | 27 | 49 | -22 | |
| 18 | SC相模原 | 25 | 34 | 6 | 7 | 21 | 32 | 51 | -19 |